Вади розвитку дихальної системи і шлунково-кишкового тракту
Аномалії відокремлення стравоходу і трахеї стравохідною перегородкою призводять до атрезії стравоходу з трахеостравохідною фістулою (1:3000 новонароджених). У 90 % випадків верхня частина стравоходу закінчується сліпою кишенею, а нижній його сегмент утворює фістулу з трахеєю.
Ці аномалії часто поєднуються з вадами серця (33 %), хребтовими аномаліями, анальною атрезією. Ускладненнями трахеостравохідної фістули може бути багатоводдя, оскільки амніотична рідина не може проходити до шлунка і кишок. Вміст шлунка і/або амніотична рідина можуть потрапляти до трахеї (через фістулу) і спричинювати пневмонію. Іншими аномаліями можуть бути стеноз стравоходу, природжена грижа стравоходного отвору.Пілоростеноз — вада розвитку шлунка внаслідок гіпертрофії циркулярної і, в меншій мірі, поздовжньої мускулатури шлунка в ділянці воріт.
Прямокишково-відхідникові атрезії та нориці (1:5000 новонароджених) утворюються внаслідок порушень формування клоаки.
Неперфорований анус утворюється внаслідок порушення процесу реканалізації нижньої частини відхідникового каналу.
Природжений мегаколон (хвороба Гіршпрунга) пов’язаний з відсутністю в стінці кишки парасимпатичних гангліїв.
Дивертикул Меккеля — залишок жовткової протоки у вигляді відростка клубової кишки (у 2-4 % індивідів). У ньому може міститись ектопічна тканина шлунка і підшлункової залози, що може спричинити кровотечі та навіть перфорацію.